Quella dei Molin era una nobile famiglia veneziana che diede alla Serenissima molti uomini illustri, saggi e valorosi nella politica e nelle armi, e alla gerarchia ecclesiastica diversi virtuosi prelati.
La famiglia possedeva, tra gli altri, anche dei terreni nella località padovana denominata Mandria, toponimo antico e molto comune nel Veneto che deriva da animali od oggetti ed azioni ad essi pertinenti indicando, di preciso, un luogo recintato per bovini allevati allo stato brado.

La villa sorge su quei cinquantadue campi fra la Mandria ed Abano Terme che la vedova di Vincenzo Molin, Donna Elena, segna nell'elenco dei beni di famiglia nel 1582. La volontà di erigere, verso la fine del XVI secolo, una dimora degna del proprio rango fu dell'Ambasciatore Nicolò Molin, uomo di mente vasta e acuto d'ingegno, che ne assegnò la progettazione all'architetto Vincenzo Scamozzi che, dopo la morte di Palladio, primeggiava nel Veneto.

Alla fine del Cinquecento erano innumerevoli le ville che si ergevano nella campagna veneta; le ricche famiglie della nobiltà veneziana, gareggiando tra loro, avevano commissionato ai geniali architetti dell'epoca la costruzione delle loro dimore estive. Lasciando temporaneamente i palazzi di Venezia, le famiglie patrizie si trasferivano in incantevoli ed armoniosi edifici allietati da fantasiosi cicli di affreschi e circondati da giardini simmetrici, vasti prati e frutteti.